Paturages Comtois a été fondée le 1er janvier 1985 par la fusion de différentes coopératives communales, entre 1985 et 1996. Productrices historiques d’emmental IGP Grand Cru label rouge, ces coopératives s’étaient diversifiées vers la production de pâtes molles à croûte fleurie et à croûte lavée. Devenue Pâturages Comtois, la coopérative a continué sa diversification avec le metton pour la cancoillotte, et le gruyère de France IGP.
Les relations humaines et commerciales ont amené Pâturages Comtois à se positionner majoritairement sur le marché export (Europe, USA, Canada, Ukraine, Israël, Moyen Orient, …). La dernière étape dans la construction de Pâturages Comtois a été l’acquisition de Fleuron des Gourmets en 2017.